A l'époque ou il n'était qu'un enfant, Kishimoto était fixé sur la série Doraemon, ainsi que ses amis, et tout le monde dessinait les personnages, etc. Kishimoto lui était un perfectioniste, et il montrait sans se gêner les erreurs sur les dessins des autres, et les montrant comment il fallait faire. "Maintenant que j'y pense, j'était un enfant assez chiant !" dit Kishimoto lui-même.
Toute sa vie Kishimoto a aimé dessiner. A l'école, ses carnets et livres étaient remplis de petits dessins. Lorsque Mobile Suit Gundam parut sur la télé, Kishimoto consacra tous ses dessins aux personnages de la série, jusqu'à la sortie de DrSlump, création de Akira Toriyama. Et lorsque ce dernier sorti le fameux (très) Dragon Ball, Kishimoto devint tout de suite un fan et Toriyama était comme un dieu pour lui. Il voulut alors devenir mangaka plus tard lui aussi. Cette idée ce renforca encore quand il finit 38ème de sa classe sur 39. Avec de telles résultats, il ne pouvait pas faire grand chose ...
Mais Kishimoto est aujourd'hui reconnu dans le monde entier et son manga s'est vendu à des millions d'exemplaires. Naruto étant loin d'être fini, ce mangaka fera parler de lui pendant encore un bon bout de temps.
Masashi Kishimoto a un frère jumeau du nom de Seishi, qui est lui aussi mangaka, et a créé 666 Satan. Le style des dessins de Seishi est très proche de celui de Masashi, et il a souvent été dit que Seishi a copié Masashi et vice-versa. Mais dans un des tomes de 666 Satan, Seishi Kishimoto a écrit que la ressemblance entre leur style de dessin est dûe au fait qu'ils ont été influencés par les mêmes choses dans leur enfance. Masashi Kishimoto a lui aussi fait une demande aux fans d'arrêter de traiter son frère de copieur.
Etant un grand fan du célèbre manga Dragon Ball d'Akira Toriyama, Masashi Kishimoto a participé à une série d'illustrations ayant pour thème Dragon Ball en compagnie d'autres mangakas comme Tite Kubo (Bleach) ou même Eichiro Oda (One Piece).